Alex, acredito que para seu projeto seja legal mesmo ter uma plataforma de pagamentos para facilitar os fluxos.
Você levantou o caso dos impostos, mas existem também as questões das formas de pagamento, que no caso, eu entendi que seria apenas transferências para sua conta. Uma plataforma pode disponibilizar opções como cartão de crédito e boleto também e incluindo as questões de cobertura contra fraudes também.
Além disso, existe também a questão de relatórios e a conciliação financeiras desses pagamentos que ficariam mais organizados em uma plataforma de pagamento.
Mas, respondendo à pergunta inicial. Sim, uma plataforma de pagamentos vai te ajudar a resolver esse problema com impostos, assim, tendo que pagar imposto apenas o lucro que será transferido para conta da sua empresa.
Se quiser saber mais sobre esses processos de pagamentos para marketplaces, entre em contato com o time comercial da Yapay https://www.yapay.com.br/contato/.
Espero ter ajudado, até mais.